El diagnóstico diferencial incluye principalmente la exostosis subungueal y los tumores del lecho ungueal (benignos y malignos). Los tumores malignos a considerar son el melanoma subungueal y el carcinoma de células escamosas subungueal, que pueden ser localmente agresivos.
Un examen de rayos X puede confirmar el diagnóstico de exostosis subungueal.